Kelemahan sistem budidaya mina padi yakni :
1. Pemberian pestisida yang berlebihan pada padi bisa mempengaruhi kehidupan ikan
2. Hama seperti ular, kodok, dan burung mudah masuk ke sawah
3. Mina padi harus diterapkan di daerah dengan sumber daya air melimpah
4. Mina padi sulit dilakukan di tempat dengan sumber air terbatas
Selain itu jenis ikan yang cocok untuk mina padi adalah :
1. Ikan mas
2. Ikan gurame
3. Ikan mujair